미핵잠수함 하나가 침몰하는 사고가 발생하고 미 해군은 석유시추선과 연합 수색전을 펼친다. 석유시추선의 책임자인 버드(에드 해리스)는 해군 카피 중위(마이클 빈)과 공동 탐사에 나서지만 사사건건 갈등이 빚어진다. 한편 버드는 해군에서 파견한 해양 장비 전문가이자 아내인 린지(매리 스튜어트 매스트란토니오)와도 다툼이 끊이질 않는다. 의견대립끝에 카피중위는 독단적인 수색에 나서고, 린지는 어느날 심연에서 신비한 생물체를 발견한다.